五源学说又称为五元学说，它认为物器界（器世）及人和一切生物（情世）产生的根源为土、水、火、风、空，称之为五源。这种学说起源于印度，是古印度的一种朴素唯物主义认识论。土、水、火、风是构成世界万事万物的四种基本物质，空是物质存在、增长和运动的空间，它们之间相互滋生、演变、发展，并进行抽象推理、演绎、归类，用以解释物质世界的结构和运动形式，这便是五源学说。
五源学说很早应用于佛教哲学，以后应用于寿命吠陀医学。藏医药学在形成过程中将它移植到藏医药理论中，广泛应用于生理功能、病理变化、疾病诊断、防病治病及药物方剂等很多方面，正如《四部医典》后续部说：“众生身由四源成，疾病缘由四源起，药物性味四源定，身病药皆四源生。”
二、五行学说
五行指的是木、火、土、金、水，五行学说就是以它们的属性和相互滋生、制约的复杂关系来归类、演绎、解释物质世界的构成和事物变化。藏医运用五行学说来解释人体、生理、病理及其与外在环境的相互关系，进行辨证施治。藏医将五行学说主要应用于脉诊学，其他方面藏医多用五源学说。藏医早在公元8世纪末，从中医编译而成的《月王药诊》中移植过来，在藏医经典著作《四部医典》中有详细的阐述并有所发展。
藏医将五行(金、木、水、火、土)与人体的心、肝、脾、肺、肾之脉象联结起来，称为五行脉，即金主肺脉，木主肝脉，水主肾脉，火主心脉，土主脾脉。按五行相生(金生水、水生木、木生火、火生土、土生金)的原则，若在心脉上(火主心脉)出现了脾脉(土主脾脉)跳动，即为正常脉(火生土)。与此相反，出现了五行相克的脉(金克木，木克土，土克水，水克火，火克金)则为病脉，如在心脉出现了肺脉(金主肺脉)跳动，则为病脉(火克金)。
藏医也认为不同的时令季节，人体的脉象会有所变化，这些都跟五行有着密切关系。即将一年分为四季，每季属七十二天，在两季交替之间有十八天，这样将一年分为五个七十二天，然后冠之以五行联系。春季七十二天属木，为万物生长季节，肝胆属木，亦属旺盛季节，故木主肝(胆)脉；夏季七十二天属火，是心活动的旺盛季节，心属火，故火主心脉；同样道理，秋季七十二天属金，金主肺脉；冬季七十二天属水，水主肾脉；春末夏初、夏末秋初、秋末冬初、冬末春初各有十八天，四个交替时节共七十二天属土，土主脾脉。
藏族足浴
三、藏医药的理论体系
藏医药学的理论有：五行、六味、八性、十七效。
藏医学认为药物与五行有关，药物的生长源于五行，即土、水、火、气、空。土为药物生长之本源；水为药物生长之汁液；火为药物生长之热源；气为药物生长运行之动力；空为药物生长之空间。五行缺一，特别是空缺少，药物则无生机。这一精辟论述，阐明了药物生长与自然环境的辩证统一关系，这就是当今所说的生态环境对植物生长的特殊性。
另外，藏医认为药物的味、性效亦源于五行。土性偏强的药物具有强筋骨、增体力、滋补强身之效，可治隆病。这种药物味甘，具有重、稳、钝、柔、润、干之性，根及根茎类药材大都属于土性。
水性偏强的药物具有使七大物质基础(即饮食精微、血、肉、脂肪、骨、骨髓、精)聚集，增生肌肉之效，可治赤巴病。这种药物味涩、酸，具有寒、凉、润、稀、钝、软、柔之性。皮类药材大都属于水性。
火性偏强的药物能促进七大物质基础成熟，助消化，促吸收，增生体热，荣润肤色，可治培根病。这种药物味辛、涩。大部分花类、种子类药材都属火性。
气性偏强的药物可强筋骨，通经活络，增生体温，收敛疮疡，促进七大物质基础运行。这种药物味苦、涩、咸。皮类药材大都属于气性。
空性偏强的药物，具有四性的通性，其功效通行全身无阻，舒胸宽腹，遍及肢体，适用于一切疾病。果类和种子类药材大都属于空性。
除将根、茎、叶、花、果实、种子、皮类药材分属五行外，藏医还将其药材的颜色和五行联系。黄色或淡黄色者为土，白色者为水，红色者为火，绿色者为气，蓝色者为空，于是可根据药材的颜色来考虑其属性，决定其味、性、效。
六味，即甘、苦、酸、辛、咸、涩。甘味具有增强体力，补气固本，荣润肤色，开窍舒胸，生肌愈疮，干黄水之功效。苦味具有清血热、赤巴热，健胃舒胸，增生腹肌之功效。酸味具有健胃消渴，增生体温，生培根之效，对赤巴有益。辛味具有增生胃温，健胃消积，镇静催眠，驱杀肠胃寄生虫，荣润肤色之效。咸味具有熄风镇静，消肿化积，消烦渴，增生体力，生血，生赤巴，干黄水，下死胎之效，但对麻风病、痘疹、疮疖有害。涩味具有通淋止泻，复苏开窍，荣润皮肤，驱虫之效。
另外，还有三化味，即服药后在体内经吸收，其原来药物之味发生变化。如甘、咸味转化为甘味，辛、涩、苦转化为苦味；酸味吸收后仍为酸味。因此，甘、酸、苦称之为三化味。
八性，系指藏药具有八种性能，即寒、热、轻、重、钝、锐、润、糙。药性重、润、寒、钝者可治隆病、赤巴病；药性轻、糙、热、锐者可治培根病。
十七效，就是藏药有十七种功效，即寒、热、温、凉、干、稀、润、糙、轻、重、稳、动、钝、锐、柔、燥、软。十七效是藏医遣药组方的理论基础，每种药都有其固有的性、味、效，而在临床上具体应用时，则应根据其功效配伍组方，组方原则是以十七效为对治，即寒与热为一对治，寒性病用热药治之，热性病用寒性药治之。在一对治中，一为药性，一为病性，互为对治。同理，温与凉、钝与锐、稳与动、润与糙等均互为对治，这是藏医辨证施治用药的理论基础。