1679年寺院动工，1681年完成基本建设，由五世达赖赐名为“三神游息之地”，“噶丹松赞林”。“噶丹”表示传承黄教祖师宗喀巴首建之噶丹寺，佛语旧译兜率天。“松赞”即天界三神游戏场所：帝释、猛利和娄宿三种层次形成的三天堂，即三十三天。“林”即寺。总的来说即是“一切显密非一次修成，为使无垢之法源尖不断地惠及众生，使之圆满，特建此寺”。迪庆境内最大的格鲁派寺院正式建成。至清雍正二年（公元1724年），清王朝赐定名为“归化寺”。之后，松赞林寺又得到云南巡抚及清朝历代皇帝的垂青和一再赏赐，取得了极为崇高的地位，拥有众多的信教群众，成为云南最大的藏传佛教圣地。
与藏传佛教建筑样式相同，松赞林寺的扎仓、吉康两座住殿高高矗立在中央，八大康参、僧舍等建筑簇拥拱卫，高矮错落，层层递进，立体轮廓分明，充分衬托出了主体建筑的高大雄伟。主建筑扎仓，藏语依意为僧院，是僧众学习经典、修研教义的地方。后殿供有宗喀巴、弥勒佛、七世达赖铜佛，高三丈有余，直通上层。中层有拉康八间，分别为诸神殿、护法殿、堪布室、静室、膳室等。前楼客厅供贵宾宴会及观赏“羌姆”（面具）舞时使用。顶层正楼设精舍佛堂，供奉五世达、七世达赖佛像，以及贝叶经卷、唐卡、传世法器等。佛堂正南为高耸的钟鼓楼，清晨、正午、黄昏击鼓报时，声闻十里。
扎仓的下属僧侣组织就是“康参”，藏语意为僧团，即按僧侣籍贯或来源地的地域划分，将大寺僧侣划分为若干团体，形成教区区域性组织。康参由老僧主持，下设念哇、格干等办事人员，相对独立地管理教区的行政、宗教、经济事务。松赞林寺的八大康参为：独克康参、扎雅康参、东旺康参、绒巴康参、洋朵康参、结底康参、卓康参、乡城康参。前6个康参代表了香格里拉地区区域内村落形成的教区区域组织。卓康参则为江边地区（今上江、金江、三坝、洛吉）等地的纳西族僧侣组织。而乡城康参是指香格里拉与四川省的乡城和得荣两县僧侣的康参。
寺院扎仓、康参之下的最基层僧侣组织称为“密参”，意为一户或一户人，一般以特定的同一区域内僧人形成一个居住单位，共同生活，人数多在一二十人左右。
寺院建筑可以说荟萃了藏族宗教文化的精华，建筑金碧辉煌，造型丰富多彩的镀金铜瓦，殿宇宝角兽吻飞檐，扎仓大殿宽敞恢宏殿，殿中供奉的诸多佛像：昆塔高大神圣，两侧西厢的壁画雕饰精美琳琅，这里显现着佛法的深固，这里诠释着佛经的丰富内涵，这里是响彻着佛普渡众生的布道，这里是佛光充溢的殿堂。
松赞林寺内历代珍品众多，有五世达赖、七世达赖时期的八尊包金释迦牟尼佛像、贝叶经、五彩金汁精绘唐卡、黄金及各种精美的鎏金或银质香炉、万年灯等。金寺收藏有《甘珠尔》十部（其中两部为金汁手书）；《丹珠尔》两百余部。
据记载，松赞林寺与七世达赖剌嘛格桑嘉措还有着一段深厚的“法缘”。六世达赖飞升后，拉萨三大寺祈求卜认定的转世灵童（即后来的七世达赖）遭到蒙古和硕特部藏王拉藏汗的揎害，于是灵童被僧人们护送至松赞林寺避难。灵童将牛奶奉于水源程序，祈祷此水成为乳汁以养育众生，此水由此成为“奶子河”。后灵童又转由青海塔尔寺供养，终于得到当时的皇帝康熙的认可支持，并加封“宏法觉众”的封号。因此，七世达赖对后来松赞林寺的扩建一直给予支持。
1936年夏，贺龙率领红二方面军长征经过香格里拉。贺龙、萧克等亲临归化寺，拜访活佛、喇嘛，并题赠“兴盛番族”锦幛一幅（现存中国军事博物馆）。归化寺为红军筹粮2万多斤，还派出僧侣为红军当向导，支持红军北上抗日。