生理和解剖
藏医对人体的构造有较具体和深入的了解，在世界各种传统医学体系中，可以说是最先进的一种。
藏医认为，人体有七种基础物质和三种排泄物。
这七种物质，为食物精微、血液肌肉、脂肪、骨骼、骨髓和精液。它们均可在赤巴产生的热能作用下，渐变成“精华”，散布全身，使人发育、成长、保持健康。 三种排泄物则是指粪便、尿液和汗液等，可以通过它们将体内的废物排出体外。
关于人体内的器官《四部医典》中记载得比较详细。对于脏腑，心、肝、脾、肺、肾认为为五脏；胃、大肠、小肠、胆、膀胱、精腑，认为是六腑。肌肉脉络图中，将血管称做黑脉，指出黑脉有会搏动如“玛脉”和不搏动的“江玛脉”两种，明确区分了动脉和静脉。
在生理学方面，《四部医典》和它的系列《挂图》中对胚胎发育过程的描绘很细致。指出：当男女同房时，男子精液进入子宫同女子经血混合即可受孕，孕期三十八周。如书中指出：月经周期、胚胎发育、分娩、妇女十二岁月经来潮、五十岁绝经、每月行经一次。同时还指出胚胎发育过程中，要经历鱼期（相当水生动物）龟期（相当于爬行动物猪期（相当于哺乳动物）等，体现了动物进化过程的几个阶段。正如恩格斯所说的：“母腹内的人的胚胎发展史，仅仅是我们的动物祖先从虫豕开始的几万年的肉体发展史的一个缩影。关于胎儿之所以发育成熟，是母亲的营养物质通过脐带供养胎儿的结果；关于妇女的月经周期，胎儿发育过程和分娩的记述，与现代医学生理学是基本一致的。”
在人体器官的生理和解剖中，对五脏六腑的位置《四部医典系列挂图》里采用形象比喻手法生动说明。如用国王比喻心脏，用王后比喻肝脏，用大臣比喻肺脏，指出“大臣丧命会导致国王驾崩”，意喻“呼吸终止会导致心脏停搏”。它还用饭锅比喻胃脏，用水缺罐比喻膀胱。这与中医的“心为君王之宫，肺为相搏之宫”等说法颇为类似。 关于人体骨骼数目的描述很细，认为人体全身有骨骼三百六十块、肋骨二十四根、牙齿三十二颗、四肢大关节十二个等等。关于神经为血管方面，藏医学认为人体内有各种脉络，其中有些是相互连接的，叫联结脉。联结脉分白脉络（即神经）和黑脉（即血管）两种，脑为白脉之海，自脑向背髓内伸出一支较粗的命脉，再发出若干分支，分布于五脏装腑及四肢，可感觉和运动。如白脉受伤，便丧失运动和知觉的功能。黑脉又分跳动的（即动脉）和不跳动的脉（即静脉）黑脉与心脏相连接。
总之脉络是气血的通道，是维持人体生命的根本。早在公元八世纪藏医对神经和血管的功能就有这样深刻的认识，对我国医学也是一大贡献。